考核制度的局限性主要在两方面：
一、任何一个“现实的”考核制度都在其客观方面和主观方面存在缺陷： 任何一次的考核结果都不可能绝对准确、公正，总是会有人提出申诉或表示不满。这一方面是因为制度本身不可能修改得尽善尽美，特别是有些考核标准无法定量，难以把握；尤其是其中有关被考核者的素质的评价（国外称为“特征考核”）和对工作质量的评价都带有很大的主观成分。另一方面是因为任何评分者主观上在德、能、识各方面都不可能不存在各种各样的局限性。
二、考核制度本身存在固有的局限 即便我们不谈考核制度的条文规定和考评人员的工作中的缺陷，也不能保证考核结果完全客观公正。因为，考核制度有其固有的局限，这种局限在于：
──“标准件”和“非标准件”
作为一个有着一系列统一的、量化的考核标准的考核制度，它带有偏重于“标准性”的特点；如果把它放到一个不应有的高度，它就会在发挥人的“个性”方面有所不足。 考核制度对人们提出了比较全面的、定性定量的标准，然而每个人的个人素质在德、能、识各方面的发展都是不均衡的。往往一些方面较强，一些方面较弱；甚至一些方面越强，一些方面越弱。我们可以努力使人们均衡发展，但这种努力的效果毕竟是有限的，有时还会使人们付出代价，即为了所有方面的均衡发展而牺牲了一些方面的突出发展。当这种代价太大，以至于还不如保持原样不作改变时，就不得不牺牲均衡而保留个性了。这就象在一些企业生产中，除了要生产大量的“标准件”，还要生产一些用来满足特殊需要的“非标准件”一样。
如果对考核制度过度强化，要求所有人都面面俱到地全面发展，就必定会出现为了均衡而牺牲个性、创造性的情况，这就是人们常说的“削足适履”了。
──人际关系在考核中的作用
作为一种要求众人参与、互相考评的考核制度，它又有偏重于“和谐性”的特点。由于是否符合标准要由众人来评判，被评议者要想得高分，就必定要花费一定精力在人际关系上，还需处处注意不能锋芒外露，免遭嫉妒。这就进一步限制了人们才能的发挥。由于考核成绩来自众人的评判的综合；又由于平凡者众，杰出者寡；少数杰出人士的真知灼见往往被淹没，多数人的平常见识就占了上风。因而就有可能是才能平平而人缘颇好者得分最高。
──“老黄牛”和“千里马”
正由于考核制度以上两方面特点，在一些执行过类似制度的地方，出现过这样的现象：评选出来的模范人物往往是那些埋头苦干，任劳任怨，与世无争但可能才干平庸的“老黄牛”；或是那些谨小慎微，四平八稳，八面玲珑，从不犯错的谦谦君子。而那些个性突出，锋芒外露，才气逼人，风风火火的开拓式人才，“千里马”，却可能因为其恃才傲物、豪放不羁的外表，而或是不见容于所在群体，或是被渐渐挫去锋芒，磨掉了锐气和个性。
虽说我们不能简单地把国家政治生活中的民主和专制的概念直接套用在企业管理中，但这两个问题确实有很多的相似性。在历史上，暴君的独裁固然曾经严重压抑和摧残过人们的个性，然而，极端民主“多数暴政”也曾粗暴地限制和粉碎过人们的自由。反过来说，正如民主的风暴曾经摧垮了森严的等级制度，极大地解放了人性一样，开明的君主和当权者也曾从过于猛烈的民主风暴下保护过一些人才，使人类的精神之树得以绽放出绚丽多彩的花朵。
当一个群体不能容纳或是强烈排斥那些有强烈个性和突出才能的个体时，这个群体自身也就往往丧失了个性、创造力和发展的冲力。千军易得，一将难求；“老黄牛”诚可贵，“千里马”价更高。我们不能苛求一人兼有这两种品格，然而我们完全可以使一个群体能够兼容这两种类型的人才，使得很难统一于个人的这两种可贵品格，能够统一于群体。应当鼓励、帮助每一个员工在各方面尽可能全面地、均衡地发展，但是不应该因此而抹杀和压抑人的个性。不能允许本来旨在激励的考核制度反过来扭曲了人们的价值观，使人们丧失了创新、前进的冲力。企业更需要的是有思想、有创造性、有冲劲、敢于和善于出成果的人才。一个企业的员工队伍，既要能够坚忍负重，默默开拓，厚积薄发；又要能够能够在有朝一日一鸣惊人，一飞冲天。
考核制度的作用究竟怎样看？
考核制度虽说不能完全解决问题，但在现代企业管理中是不可或缺的。考核制度就象一套游戏规则，评议者就象裁判员；规则可能不太令人满意，裁判员的水平有高有低；但没有规则和裁判，事情就会更糟。没有考核制度，人员评价就无法避免主观武断、片面随意，企业内的是非功过就会混乱，利益分配和人员任用就会出现更多的不公正，就难以避免“黄钟毁弃，瓦釜雷鸣”。而在实行考核制度的企业里，每个干部、员工的所做所为，都不能不考虑众人的评价，不能不考虑考核制度的要求，考核在无形中对人们的言行形成了一种约束和激励。考核制度的优越性，与其说是体现在结果上，即体现在考核结果如何准确上；不如说是体现在过程中，即体现在它对人们的无形的激励和约束中。
其次，就一个企业而言，有突出的个性、非凡的创造力、杰出的才能的人也毕竟是很少数；就一个人才的个体而言，其杰出才能、突出个性、非凡的创造力也仅会表现在个别方面。因此，可以说，比较完善的考核制度可以解决“一般的”、“标准的”、“大量的”问题；在此前提下，人们就可以集中精力解决“特殊的”、“非标准的”、“个别的”问题。
其三，虽说考核制度从本质上带有侧重“标准性”和“和谐”的局限性，但在一定的范围内，我们还是可以把它修改得尽可能地包容性大一些，尽可能地克服其消极的价值取向，尽可能地融入积极的价值取向。
事实上，对考核制度，褒贬双方往往陷入同一个认识误区，即都对它要求过高，希望它能大包大揽，一劳永逸地、完全客观公正地解决“公正分配”和“选贤任能”两大问题，总是在考核制度的狭小框子里寻找出路。实际上，任何制度的实际执行效果，都不但取决于制度本身，而且要取决于制度执行者的素质和与该制度一起发挥作用的其它制度和做法。
台湾学者王遐昌曾指出：在对待绩效考核制度的问题上，首先要克服人们的一些“先天性心理障碍”，其中“甚至有关实施绩效考核的一些先天限制（绩效考核制度毕竟不是万能的）也要提出来，避免错估与不当期望。”否则人们就或是无法找到根本的解决办法，或是迁怒和怀疑这个制度本身。我们一方面应当尽可能地完善考核制度，另一方面又要在必要时跳出考核制度之外来思考，清醒地认识到任何一个制度的功能都有其局限性；必须扬其所长，避其所短，并通过其它的相关制度和做法予以补充。
考核制度应该是企业用以解决“公正分配”和“选贤任能”两大问题的一种机制，但不是唯一的机制；对于它所侧重的“标准化”和“和谐性”，不可使之绝对化，而要注意给干部员工的个性发展、创造力的发挥留下必要的空间。事实上，一个好的考核制度，正是在完善了标准化和和谐性的同时，给个性和创造力的发展创造了没有这种考核制度的地方所不可能有的广阔空间。正如一个完善的法制社会不但不束缚个人的自由，反而是个人自由最广阔的发展天地一样。
在国家和企业的管理中，历来是“一般”要与“个别”相结合，常规管理要与非常规管理相结合，“法治”要与“人治”相结合，对人员的任用也要常规晋升与破格提拔相结合。在实际操作中，考核结论应该是公司奖惩和升降干部员工的重要依据，但不应是唯一的依据。它不能直接决定干部和员工的奖惩和升降。在它与奖惩和升降的决定之间，还应有一个明确的中间环节，即“领导办公会”。考核的结论应提交领导办公会审核、认可后再发表、执行；对特殊个案要专门研究。公司领导在任用人员时不但需要比一般员工站得高（全局观念）、看得远（发展观念），而且针对考核制度侧重于“标准”、“和谐”的特点，要更多地着眼于“个性”、“创造”。毕竟发展才是硬道理。在对人员的考察上，公众的舆论是重要的，伯乐的慧眼也是必要的，有时候就需要“从贤不从众”。
还要注意的是，考核要严格，处理要慎重；考核要讲究科学，处理要讲究艺术。考核结果出来之后，根据需要，处理方式可以多种多样，灵活处理；同时要做好干部员工思想工作，争取多数人的理解和支持。
